Tujuan sekolah sebagai bagian dari tujuan pendidikan nasional adalah meningkatkan kecerdasan, pengetahuan, kepribadian, akhlak mulia, serta keterampilan untuk hidup mandiri dan mengikuti pendidikan lebih lanjut. Secara khusus tujuan SMA Negeri 3 Komodo adalah:

• untuk meningkatkan iman dan takwa kepada Tuhan Yang Maha Kuasa, 
• untuk mencapai kelulusan yang berkualitas, 
• untuk menghasilkan kualitas kelulusan yang bisa bersaing dalam memasuki Perguruan Tinggi,
• untuk meningkatkan kemampuan penguasaan Bahasa Inggris dan Bahasa Asing lainnya baik lisan maupun tulis, 
• untuk meningkatkan kemampuan  penguasaan teknologi informasi dan komunikasi,
• mampu bertindak disiplin baik di lingkungan sekolah maupun di luar lingkungan sekolah, 
• untuk meningkat kemandirian dalam belajar dan berkarya, 
• untuk mencintai budaya sendiri.

Untuk mencapai tujuan di atas diperlukan strategi khusus yakni:

• meningkatkan keikutsertaan peserta didik dalam pelayanan liturgi gereja setiap hari minggu bagi yang beragama Katolik dan mendorong  peserta didik untuk rajin sholat terutama setiap hari Jumat bagi yang beragama Islam demikian juga yang beragama lain,
• melaksanakan pembelajaran dengan bimbingan, pelatihan/praktik dan penelitian,
• melaksanakan kerjasama antar guru mata pelajaran melalui kegiatan MGMP yang berkelanjutan,
• melatih dan memotivasi peserta didik untuk selalu berpartisipasi aktif mengikuti lomba ilmiah dan IPTEK dalam wadah Olimpiade Sains Nasional,
• meningkatkan kinerja secara profesional  para guru dan tenaga kependidikan,
• menampilkan sikap keteladanan dan layanan yang baik kepada peserta didik yang bermasalah khusunya yang mengalami kesulitan belajar,
• meningkatkan pengembangan diri di bidang olahraga prestasi, kesenian, gemar berbahasa Inggris, PIR, dan pramuka,
• mendorong budaya membaca bagi peserta didik,
• membiasakan diri untuk datang tepat waktu bagi seluruh warga sekolah,
• menanam pohon di lingkungan sekolah sebagai perwujudan cinta lingkungan,
• menciptakan kondisi lingkungan yang bersih, sehat dan indah,
• mengadakan pembinaan terhadap peserta didik, guru dan pegawai secara  berkelanjutan,
• meningkatkan kedisiplinan dengan melaksanakan peraturan dan tata tertib sekolah oleh guru, pegawai dan peserta didik secara bertanggung jawab,
• secara bertahap memenuhi Standar Sarana Prasarana berupa pembelian printer, unit komputer di Lab Komputer, pembelian bahan dan alat di Lab Fisika dan Lab Biologi/Kimia, dan lain-lain, 
• mengadakan berbagai buku sumber di perpusatakaan sekolah baik fiksi maupun non fiksi khususnya buku-buku  penunjang pembelajaran,
• mengadakan bimbingan sore hari bagi peserta didik kelas XII untuk persiapan Ujian Sekolah.